連續流動化學始于兩種以上的物料—比如起始反應物。這些物料流以設定流速用泵打入一反應艙室、反應管、有時是一個具有使流動物料進行混合和反應的數多小槽的微型反應器。流進反應艙室的不同反應物料在此進行混合和反應。由于這些微型反應器的艙室或管的體積非常小，僅需小量的物料進行反應。
對連續流動反應的監測要求監測技術能在流動的流體中分辨不同反應組分。與微型流動池相匹配的反應紅外儀（ReactIR）是一適宜的技術。ReactIR基于FTIR光譜并結合（變角）衰減全反射（ATR），是用于原位測量和跟蹤反應組分的理想工具。
根據反應動力學和物料流速，需要保證反應物料在微型反應器中達到某一特定的停留時間，從而獲得預期的反應轉換率。相繼，從微型反應器出口流出的物料用燒瓶或其它適當的容器收集起來。
物料通過高壓輸液泵輸送到微反應器中，在高壓密閉的微通道管路中，通過溫度控制，使合成反應能夠快速完成并大大提高收率，背壓閥能夠人為控制反應器內壓力，物料在出口處通過在線檢測器檢測合成結果，經過檢測后的產品可通過樣品采集器按預設的收集條件收集到不同的容器中。整個反應系統可通過管理軟件實現自動控制，具有方法建立、模塊搭建、模塊參數設置，全反應過程參數實時監控，數據追溯，用戶管理及智能專家數據庫等功能，專用管理軟件可將整個反應體系效率發揮出來。
