到目前為止，常用的高壓液相恒流泵都采用差不多的基本元件,因此，若遇到故障，通常都會比較類似。氣泡、固體雜質及污染是導致故障的常見因素

　　一、固體雜質及污染的產生

　　使得固體雜質及污染產生的原因，要么就是流動相沒有經過過濾，要么就是流動相的過濾效果不理想，要么就是對緩沖溶液使用以后，沖洗不及時析出了鹽。

　　柱塞桿和密封圈磨損使得固體雜質產生的是另一個原因。在單向閥的寶石球和閥座上聚集了流動相微小的固體雜質，導致不能密封單向閥，使得壓力出現波動或無液體流動。因為柱塞桿有著比較高的往復運動頻率而密封圈緊緊接觸運動著的柱塞桿，因此本身出現磨損比較容易，，如果存在固體雜質，那么一定會使其磨損的速度加快，若使用緩沖溶液,在緩沖溶劑揮發干了以后很容易析出鹽并在柱塞桿上附著。重新啟動泵以后，密封圈在柱塞桿的運動下會受到嚴重的磨損。就會有泵頭內液體泄漏,壓力不穩、上不去甚至為零的狀況出現。所以在對緩沖溶液使用了以后，沖洗的溶劑一定要選用合適的。

　　二、氣泡的產生

　　脫氣不佳，有氣泡在溶劑中為氣泡產生的原因，對這樣的溶劑直接使用時，就會從溶液中逸出氣泡，特別是低壓混合系統，氣泡很容易產生并聚集在泵頭，流動相可能在泵頭釋放出氣泡以便吸液時泵頭有負壓產生。

　　除此以外，泵頭內會陷入泵入口管路而形成的非常微小的氣泡，大氣泡會由這些小氣泡聚成，從而使壓力產生波動。如下是在泵頭內有氣泡會導致的麻煩。

　　1.若氣泡在單向閥內，如此會導致單向閥的寶石球不能夠正常運動而與閥座密封不嚴,就會造成溶劑倒流的現象，降低了流量，使得壓力產生波動。

　　2.如果氣泡很多，將整個泵腔占據，雖然柱塞桿運動,然而僅可以將空氣吸入或排出，流動相輸入輸出沒有，沒有流量。

　　3.如果沒有很多的氣泡，那么隨柱塞桿的往復運動會將氣泡壓縮和釋放,這時流動相的流量達不到設定值。